La historia de la educación tiene sus raíces desde antes de la fundación de la Fuerza Naval; es decir, se inicia desde 1949 y ha permitido la profesionalización de la gente de mar a través de los años; o sea, que la educación e instrucción naval no se realizó en escuelas de instrucción y educación en forma permanente, debido a que las escuelas  de enseñanza naval no funcionaron  por períodos continuos y debido a la situación que la Rama Naval vivió. Así que, muchos de los cursos impartidos al personal, se realizaron planificándolos en base a las necesidades de la Marina Nacional y con medios propios de la Base Naval.

A principios de 1949, se contrata los servicios del ciudadano francés Enseigne Charles Sarrat como asesor naval para El Salvador. El perteneció a la Marina de Guerra de Francia, quien se convertiría en el primer Director de la Escuela de Marina.

El 05 de septiembre de 1949, el Consejo Revolucionario de Gobierno emite el Decreto Legislativo Nº. 804, en el que autoriza la creación de la Escuela de Marina y automáticamente se independiza el Departamento de Marina y Aviación del Ministerio de la Defensa. En 1962 deja de funcionar la Escuela de Marina, pero no se tiene un dato exacto del motivo de su cierre. En enero de 1950 se emite la Orden General en la que se autorizan los traslados de ocho Sres. oficiales que integraran los cursos de marina. Asimismo, se ordena a todas la guarniciones militares enviar voluntarios para integrar la nueva Rama, también, al Curso de Marinería se presentan 100 aspirantes, quienes posteriormente se destacarían a los Puertos de La Libertad, Acajutla  y La Unión.

El 05 de enero de 1950,  la Escuela de Marina no tenía lugar propio, por lo que en esta fecha se le asignó un hangar de la Fuerza Aérea, donde se albergaron los Cursos de: oficiales, clases y gavieros y se iniciaron las clases teóricas; las prácticas de navegación (remo, vela y propulsión) se hicieron en el lago de Ilopango, utilizando las diez lanchas remeras y dos pinazas de madera de 10 remos, estas últimas  compradas a Canadá en noviembre de 1949.

En 1950, la Escuela de Marina inició el año lectivo con los siguientes instructores:

Sr. Cap. YANEZ URIAS  Instructor de las materias fundamentales del mando 
Ing CHARLES SARRAT  Instructor de Navegación 
Sr. EUGENIO CORTEZ   Instructor de Nudos y Ajustes 
Sr. JOSE DEL C.  REYES   Instructor de Vela y Remo 
Sr. LUIS ALONSO ALVAREZ  Instructor de Torno y Fresadora 
Sr. JORGE BIGUER  Instructor de Navegación  
Sr. FRANCISCO ACUÑA   Instructor de Vela y Remo  
Sr. DARIO MENDOZA FLORES   Instructor de Telegrafía 
Sr. JOSE ANTONIO VANEGAS  Instructor de Mecánica 
Sr. EMILIO MEDRANO SANTOS  Instructor de Mecánica  
Sr. ARTURO AGUIRRE  Carpintero de Rivera 
Sr. DARIO VEGA DUARTE  Instructor de Leyes  

Una de las ventajas de la Escuela fue, que a su inicio se contaba con el  buque  GC-1, lo que permitió que se realizaran prácticas de navegación en el golfo de Fonseca  con los alumnos y de esta forma ganar experiencia en la práctica.