La Escuela Militar "Capitán General Gerardo Barrios", tiene su embrión original en la Escuela de Cadetes de los años 1860-1863, fundada durante la administración del Presidente de la República y General del Ejército Don Miguel Santín del Castillo, pero fue hasta el año 1868, durante la administración del Lic. Francisco Dueñas, que emergió como una institución bien organizada, mediante el Decreto Ejecutivo en el ramo de Hacienda y Guerra de fecha 21 de febrero de 1868, bajo el nombre de "Colegio Militar", y que marca su primera época comprendida desde la fecha y que finaliza durante la administración del Mariscal Santiago González de nacionalidad guatemalteca en 1876. La Escuela Militar durante esta época se encontraba ubicada en el antiguo edificio de la Biblioteca Nacional, frente al Mercado Ex-cuartel.

Vale la pena mencionar, que este Centro de Estudios Castrense, durante la administración del Capitán General Gerardo Barrios, comenzó a funcionar bajo la dirección del General Colombiano Don José María Mello, como también se contrató una misión de militares franceses, para completar su equipo de trabajo.

Durante la administración del General Francisco Menéndez, se promulgó el Decreto Ejecutivo en el ramo de Guerra, de fecha 14 de enero de 1888, mediante el cual quedó fundada la "Escuela Politécnica de El Salvador", dando inicio con este acontecimiento a la segunda época de nuestra madre Escuela Militar, siendo nombrado como Director de la misma el Capitán de Artillería de origen español, Don José María Rosello, sus instalaciones se ubicaban en la entonces llamada Casa de los Ministerios, esta segunda época finalizó el año de 1891.

La tercera época de la Escuela Militar inicia durante la administración del General Tomas Regalado, quién emitió el Decreto que en el Art. 1o. decía: "Crease en esta Capital una Escuela Politécnica Militar, en la que enseñarán las materias y los ejercicios prácticos, necesarios en infantería, caballería y artillería, dado en San Salvador 24 de agosto de 1900".

De 1900 a 1906, la Escuela Militar seguía funcionando en la Casa de los Ministerios, pero 1906 a 1922 fecha en la que termina esta tercera época, sus instalaciones fueron trasladadas al lugar conocido como El Zapote, actuales instalaciones del Museo de Historia Militar. Cuentan las crónicas que durante esta época, la característica de los oficiales era la gentileza francesa y el orgullo profesional de los españoles, ya que por mucho tiempo fueron militares de estas nacionalidades los que instruían a los cadetes, no obstante, alguien recomendó que era necesario complementar la formación con la disciplina y la agresividad de los chilenos, así fue como se trabajo la primera misión militar chilena, nombrando al coronel Carlos Ibáñez del Campo como Director de la Escuela Politécnica Militar siendo posteriormente, éste heroico militar chileno presidente de su país.

La cuarta época de nuestra Escuela Militar "Capitán General Gerardo Barrios", se origina por Decreto Ejecutivo en el Ramo de la Guerra, de fecha 28 de enero de 1927, y posteriormente se declara mediante Decreto Legislativo que la carrera militar es una profesión, todo esto sucedió durante la administración del doctor Pío Romero Bosque, llamado por muchos el padre de la democracia, esta época se mantiene hasta la actualidad, dirigiéndola hasta la fecha 56 directores, de los cuales, uno era de nacionalidad alemana, otro chileno, cinco estadounidenses y cuarenta y nueve salvadoreños.

Durante esta época la Escuela Militar a ocupado diferentes instalaciones, la primera ubicada en la antigua Finca Modelo, donde actualmente funciona el Parque Zoológico; la segunda ubicación fue sobre la calle a Santa Tecla frente a la Feria Internacional, permaneciendo desde 1991 hasta la fecha en la actual ubicación en la Finca El Espino.

Desde 1927 hasta 2013 se han graduado 85 promociones de Oficiales de nuestra Fuerza Armada.
El nombre actual de la Escuela Militar, se adoptó en cumplimiento del decreto del 25 de agosto de 1965, durante la administración del Cnel. Julio Adalberto Rivera, bautizándola a partir de esa fecha como Escuela Militar "Capitán General Gerardo Barrios", por iniciativa del entonces Ministro de la Defensa Nacional, Cnel. Marco Aurelio Zacapa.

El interés primordial de la Escuela Militar "Capitán General Gerardo Barrios", es preparar a las nuevas generaciones de salvadoreños en forma integral, a fin de cumplir con la misión encomendada a este Centro de Enseñanza de formar científica, intelectual, moral y física al Cadete, para que después de cuatro años de estudio obtenga el grado de subteniente y cursar un año más de estudios como parte de la Licenciatura en Administración Militar, esto les permite iniciar el ejercicio profesional de la carrera militar de conformidad a lo establecido en la Constitución de la República.